Река Чуя является самым значимым и крупным притоком реки Катунь . Площадь бассейна реки Чуя - 11200 км², длина реки - 320 км, расход воды - 42,1 м³/с. Чуя берёт свое начало в высокой болотистой местности на западных склонах хребта Чихачёва и северных склонах хребта Сайлюгем, соединяясь в единое русло в широкой Чуйской степи . Первые 50 километров от поселка Кош-Агач до слияния с рекой Чаган-Узун Чуя течет, разбиваясь на массу проток, по голым, выжженным солнцем стенам, в низких, местами заболоченных берегах, заросших кустарником.

В районе села Курай река Чуя входит в Курайскую степь и вновь разбивается на протоки. У отметки 457 км находится плотина Чуйской ГЭС, после которой река вновь становится бурной и стремительной. В пределах Курайской степи, в реку впадают реки Актру и Маашей , также начинающиеся из ледников.

Сразу за устьем левого притока Чуи реки Мажой начинается Мажойский каскад - сложнейшая часть водных маршрутов по Чуе. Мажой - это угрюмое ущелье, вверху которого снег лежит даже летом. Ущелье имеет каньонообразный характер, в нижней части переходит в каньон с обрывистыми стенками высотой 100 - 150 м. Чуя ревет мощнейшим потоком, продираясь через частокол камней, вспениваясь валами высотой до 4-х м и падая в водопадные сливы. Недалеко от устья Мажоя есть деревянный мост, с которого можно полюбоваться на буйство стихии — Мажойский каскад представляет собой впечатляющее зрелище.

Далее река резко меняет свой нрав: становится полноводнее, возрастает скорость течения, берега сужаются. На 712 км Чуйского тракта, через 281 км от своего истока, немного в стороне от дороги, расположено место слияния Чуи и Катуни. Мутная Чуя, впадая в Катунь, заметно меняет голубой цвет её воды.

На Чуе проводятся различные соревнования самыми сложными из которых считаются Мажой-ралли. Соревнования проходят на участке "мажойского каскада" который включает в себя около 30 порогов, 10 из них - 6 категории сложности. На эти соревнования допускаются только очень опытные спортсмены.

Также ежегодно на реке с 1989 года проводятся соревнования по водному туризму Чуя-ралли. В тот памятный год на соревнования Чуя-ралли приехало много команд из ближнего и дальнего зарубежья. Победителями первых соревнования стала "команда Горький".

Долина реки Чуя издавна была заселена людьми. Об этом свидетельствуют многочисленные находки, а также курганы, стелы и наскальные рисунки (петроглифы). Здесь, в долине Чуи расположено урочище Калбак-Таш, известное рисунками древних людей, высеченными на скалах.

Река Чуя протекает по территории двух районов Республики Алтай — Кош-Агачского и Улаганского . Вдоль реки проходит федеральная трасса M-52 «Чуйский тракт» .