Бернский зенненхунд наиболее распространён среди четырёх похожих пород, таких как большой швейцарский, аппенцелльский зенненхунд и энтлебухер зенненхунд. От близких родственников его отличает длинная шерсть.

История происхождения бернского зенненхунда уходит корнями в далёкое прошлое. Порода считается очень древней и доподлинно неизвестно точное время происхождения собак, а так какими были предки этих удивительных животных. Однако предположения всё-таки существуют и именно на них принято опираться. Кроме того, существуют предметы искусства, позволяющие предполагать, что порода существовала очень и очень давно, например, на картине 1651 года голландского художника Паулюса Поттера изображены фермерские собаки, внешне очень похожие на бернского зенненхунда.

Считается, что предками бернского зенненхунда были молоссы – боевые псы римских воинов, более 2000 лет назад вторгшихся на территорию Швейцарии. Однако останки крупных животных были обнаружены задолго до вторжения римлян, поэтому считать эту версию единственно верной нельзя.

Современная порода была выведена в результате скрещивания животных, обитавших в сельской местности в окрестностях Берна в Швейцарии, где собак ценили и за то, что они были верными компаньонами и трудолюбивыми помощниками. Большая собака, с хорошо развитой мускулатурой, крепкой костью отлично подходила для перевозки небольших грузов, в частности бидонов с молоком, которое местные жители сдавали на сыроварню. Собаки требовали меньше еды, чем те же лошади, да и их могли себе позволить многие жители деревень.

С началом промышленного переворота потребность в использовании собак для сельскохозяйственных целей стала меньше, кроме того популярность приобретали другие породы жёлто-белого и красно-белого окраса, похожие на сенбернара. Тогда предприимчивые владельцы зенненхундов не упускали возможность подзаработать и продавали под видом сенбернаров своих собак, которые, кстати, тогда имели рыжий или коричневый окрас, а не чёрный, как современные собаки.

До 1892 года никто и не задумывался о выведении породы, пока один профессор по имени Франц Шертенляйб (Franz Schertenleib) - владелец гостиницы и винодел из Бургдорфа, не предпринял меры по сохранению и признанию породы. Франц Шертенляйб в 1890 году стал владельцем собаки и был настолько очарован породой, что не остался равнодушен к проблеме её исчезновения и приступил к поиску хороших особей, которые могли бы послужить в качестве племенных. После долгих поисков собаки были отобраны, и профессор вместе с другими немногочисленными поклонниками породы приступили к восстановлению породы.

В начале 1900 любители бернского зенненхунда пытались добиться признания породы Швейцарским Кеннел-Клубом, но удалось это только в 1905 году, благодаря упорству заинтересованных в сохранении породы людей, к числу которых относился и Альберт Хейм (Albert Heim) - профессор геологии в университете Цюриха, привнёсший наибольший вклад в сохранение любимых им животных. Всего 4 собаки были зарегистрированы в Швейцарском Кеннел-Клубе, но именно с них началось разведение чистокровных представителей породы.

В 1907 году был создан «Дюрбахлер клуб». Название совершенно не привычное, но тогда бернских зенненхундов называли «дюрбахлеры» или «дюрбахлерские собаки». Название было дано всвязи с местом, где животные впервые были продемонстрированы – в небольшой области к югу от Берна под названием Дюрбах (Durrbach). Однако существовали и другие названия, которые давались по отличительным отметинам, например по форме проточины на голове, жёлтым бровям, подпалинам на морде, или же бернского зенненхунда называли просто фермерской собакой. Так, названия, которые сейчас могут показаться кличками, звучали как «четыре глаза», «жёлтые щёки».

По инициативе Альберта Хейма в 1908 году название породы дюрбахлер (durrbachler) было заменено на бернский зенненхунд, которое, по мнению профессора, наиболее верно отражало истинное происхождение породы. Вскоре был написан стандарт породы.

После признания породы, популярность бернских зенненхундов возросла и собаки начали расходиться по восточному и западному полушарию Европы.

Позднее порода получила признание в других странах, например в 1937 году породу признал АКС (Америка), в 1970 году - СКС (Канада), в России же бернские зенненхунды появились в 1989 году. В 1994 году в России был создан Национальный клуб породы Бернский зенненхунд. Популярность породы неуклонно растёт. Наибольшее число собак зарегистрировано в Швейцарии, Великобритании, Австралии, Канаде, Америке.

В 1948 году заводчики задумались над улучшением породы, но не имели представления о том, что для этого нужно сделать. Но вопрос разрешился сам собой, вмешался случай и значительно упростил задачу заводчиков. Произошедшее случайно, без участия человека, скрещивание собак породы бернский зенненхунд и ньюфаундленд, позволило получить щенков гораздо больших размеров, более спокойных и выносливых, с более прямой шерстью. Через несколько поколений внешние характерные признаки ньюфаундленда исчезли, удалось добиться улучшения темперамента. Современные бернские зенненхунды сохранили основные качества предков.